De Duitsers gaven weinig ruchtbaarheid aan de geslaagde bevrijdingsoperatie maar achter de schermen werkte de SD met haar Nederlandse handlangers hard om de ‘misdadigers’ op te pakken. Toch was dit niet de reden voor een huiszoeking bij pension ‘t Hemeldal’. Een onderduiker die eerder door Zwarts aan bonkaarten en een vals persoonsbewijs geholpen was, werd gearresteerd. Bij het verhoor had hij de naam van Evert Zwarts genoemd en dat leidde tot de huiszoeking in zijn pension. Bij deze doorzoeking werd één van de auto’s, die tijdens de Koepelkraak was gebruikt, ontdekt. De eigenaar van het ‘’t Hemeldal’, werd op 25 mei 1944 opgepakt en door de SD naar het ‘Huis van Bewaring’ aan het Walburgplein in Arnhem gebracht. Zwarts was door zijn neven, de gebroeders Boven, bij de illegaliteit gehaald en zat er tot over zijn oren in. Hem stond een zekere dood te wachten. Diezelfde dag kwam één van de broers Boven bij Scheepstra aan met het noodlottige nieuws. Scheepstra was het meteen met hem eens dat Zwarts ontzet moest worden en deze keer wilde hij tegelijk zoveel mogelijk andere mensen uit het ‘Huis van Bewaring’ bevrijden. Direct begon men onder leiding van Scheepstra met het uitwerken van een plan voor de kraak.
Evert Zwarts werd zwaar verhoord en daarbij ook veel mishandeld. Via Joop van Veldhoven liet hij de noodkreet uitgaan dat hij het niet lang meer zou volhouden om zijn geheimen te bewaren. Daarom was haast geboden. Een groot geluk voor Scheepstra en de zijnen was dat Joop van Veldhoven behalve in ‘de Koepel’, ook in het ‘Huis van Bewaring’ gevangenisonderwijzer was. Daardoor hadden ze direct weer de beschikking over een goed contact binnen de gevangenis. Voor deze nieuwe operatie werd weer grotendeels dezelfde groep KP’ers bijeengeroepen.
Na twee mislukte bevrijdingspogingen op 29 mei en 5 juni 1944, waarbij Scheepstra en de zijnen ternauwernood ontsnapten, werd een ander plan van aanpak opgesteld. Hierbij zou door een KP’er, die zich voordeed als dominee, aangebeld worden bij de dienstwoning van de directeur van het ‘Huis van Bewaring’ met het verzoek om een gesprek over het welzijn van enkele gevangenen. Direct na binnenkomst zou de directeur, zo nodig onder bedreiging van wapens gedwongen worden de sleutelbos van de cellenblokken af te geven. Ook deze poging op 7 juni mislukte, want toen de “dominee’ aanbelde bleek dat de gevangenisdirecteur niet thuis was. Bij de vierde poging werd het plan nog iets toegespitst, de ‘dominee’ werd nu uitgebreid tot een ‘domineesechtpaar’. De datum voor de vierde poging werd vastgesteld op zondag 11 juni tussen twaalf en twee uur.
Op die zondagmorgen verzamelden de leden van de KP zich in groepjes van twee op de afgesproken plaatsen. Scheepstra stond zo gepositioneerd, dat hij de voordeur van het huis van directeur Bakker in de gaten kon houden. De andere KP’ers keken vanaf hun eigen posities naar Scheepstra totdat hij een teken zou geven. Ook waren posten uitgezet die het huis van de directeur in het oog hielden. Frouwke, de vrouw van Scheepstra, nam dit op zich en wandelde met de kinderwagen met daarin hun éénjarig zoontje in de directe omgeving rond. Toen ook de gevangenisdirecteur samen met zijn zoon aan de wandel ging volgde zij hem tot hij weer huiswaarts keerde. Af en toe had zij kort contact met haar man die daardoor van het verloop van deze verwikkelingen op de hoogte bleef.
Het ‘domineesechtpaar’ belde aan bij de directeur en vroeg of ze hem konden spreken over het welzijn van enkele gevangen. Toen ze eenmaal binnen waren, lieten ze hun wapens zien en werd de bedoeling hem snel duidelijk gemaakt. Scheepstra stond op enige afstand buiten. Hij droeg een hoed en tilde die elke keer even op om aan te geven dat een volgend groepje van twee KP-ers het huis van de directeur binnen kon gaan.
Onder dwang gaf de gevangenisdirecteur de sleutels, die vanuit zijn huis direct toegang gaven tot de gevangenis, af. De ploeg van Scheepstra ging snel de gevangenis binnen, schakelde de telefoons uit en overmeesterde zonder veel moeite de bewakers. Daarna werd begonnen met het openen van de cellen en het verzamelen van de illegale werkers. Lang niet alle gevangenen maakten van de gelegenheid gebruik, sommigen uit vrees voor een list en anderen hoopten nog wel vrijgelaten te zullen worden. Uiteindelijk verkozen 54 mannen en vrouwen de vrijheid, waaronder uiteraard de man om wie het allemaal begonnen was, Evert Zwarts.
Scheepstra, die buiten de wacht hield, meende een schot te horen en ging daarom ook de gevangenis in. Het geluid werd echter niet veroorzaakt door een pistoolschot. Scheepstra vertelde de 54 mensen die bevrijd waren wat er van hen verwacht werd. In groepjes van vier mochten de bevrijde verzetsmensen via de hoofdingang naar buiten. Iedere man of vrouw kreeg een levensmiddelenkaart en tien gulden om daarmee een treinkaartje te kunnen betalen om zo de eerste stap naar de plek van bestemming te kunnen maken. In minder dan twee uur was de klus geklaard en waren 54 gevangenen uit het hol van de leeuw gehaald. Voor de tweede keer in een maand tijd was Scheepstra met zijn ploeg de Duitsers te slim af geweest.