Voor Scheepstra had deze tweede kraak tot gevolg dat hij uit Arnhem moest vertrekken om elders onder te duiken. De Duitsers maakten intensief jacht op deze ‘gevreesde terrorist’. Hij vertrok naar Amersfoort en gaf vandaaruit leiding aan de KP-ploegen. Ruim twee weken later ontsnapte hij, na een snelle vlucht, ternauwernood aan de SD.
In de zomer van 1944 hield Scheepstra zich samen met anderen, als lid van de vierhoofdige leiding van de LKP, bezig met voorbereidingen voor het plegen van spoorwegsabotage in het oosten en zuiden van Nederland. In vervolg op een oproep van de Nederlandse regering in Londen legden personeelsleden van de Nederlandse Spoorwegen in september 1944 bijna massaal het werk neer. Het doel van die spoorwegstakingen was het belemmeren van de Duitse oorlogsmachine. Door deze stakingen werd een belangrijk deel van het transportsysteem lamgelegd en konden de Duitsers niet meer op grote schaal Nederlandse arbeidskrachten en goederen naar Duitsland vervoeren. Ook het transport van soldaten en wapens in Nederland werd er sterk door gehinderd. De Duitsers probeerden dit op te vangen door zelf met treinen te gaan rijden, maar op tal van plaatsen werd dit gedwarsboomd door sabotageploegen.
Scheepstra zette zich met de andere drie leden van de leiding van de LKP en in samenwerking met andere verzetsorganisaties in voor de organisatie van de sabotage. In de zomer van 1944 werd de leider van de LO-Driebergen Jan van Bijnen (schuilnaam: Frank), door de leiding van de LKP benoemd tot Landelijk Sabotage Commandant (LSC); hij vestigde zijn hoofdkwartier in Rotterdam. Het was zijn speciale taak om die sabotageacties te organiseren en te coördineren. De sabotage van spoorlijnen werd meestal gerealiseerd door het plaatsen van een zogenaamde derailleur, waardoor de trein ontspoorde. Ook werden er bommen onder het spoor gelegd, zodat een spoor een tijd onbruikbaar was.
In Nederland bestonden destijds drie grote verzetsorganisaties, namelijk de Landelijke Knok Ploegen (LKP), de Orde Dienst (OD) en de Raad Van Verzet (RVV). Deze organisaties waren verschillend in hun doelstellingen, achtergronden en omvang, en daarom werd tot september 1944 door deze organisaties nauwelijks samengewerkt. De OD was politiek conservatief en militair van karakter. Het was niet zozeer een organisatie die gericht was op het plegen van verzet, maar meer een organisatie die zou gaan optreden in het machtsvacuüm dat zou ontstaan in de overgangstijd tussen de periode van bezet en bevrijd zijn. De LKP ontstond op confessionele basis, maar kreeg aansluiting uit alle gezindten; zij pleegden vooral gewapend verzet ten behoeve van de LO. De RVV was onkerkelijk en in het algemeen politiek links georiënteerd en richtte zich eveneens met overvallen en sabotage tegen de bezetters.
Op aandrang vanuit Londen vond vanaf september 1944 tussen de drie verzetsorganisaties meer overleg plaats, onder de codenaam Delta-Centrum. Scheepstra was hier als toplid van de LKP intensief bij betrokken. De LKP, OD, en RVV werden gebundeld tot één organisatie, de Binnenlandse Strijdkrachten (BS), officieel de Nederlandse Binnenlandse Strijdkrachten (NBS). Deze concentratie was er op gericht de verzetsgelederen te versterken. De NBS was verdeeld in Stoottroepen en Bewakingstroepen. De leden van de Stoottroepen kwamen voort uit het gewapend verzet, terwijl de Bewakingstroepen na de bevrijding de straat op zouden gaan om de orde en rust te herstellen. Scheepstra maakte deel uit van de Stoottroepen. Aan het einde van de oorlog werd hij als officier toegevoegd aan de staf van de Commandant Stoottroepen.
